Publications utilisant les données du projet GEM

Nouveaux biomarqueurs fécaux qui précèdent le diagnostic clinique de la colite ulcéreuse

Dans une collaboration entre l’institut Farncombe, l’Université de McMaster, et le Projet GEM les chercheurs ont comparé la composition du microbiote fécal et son activité protéolytique chez 48 sujets qui sont restés en bonne santé contre celles de 13 sujets ayant donné leurs échantillons fécaux avant et après qui ces derniers aient développé la colite ulcéreuse (CU). Les échantillons fécaux collectés avant l’initiation de la maladie ont montré une activité élastasique accrue ainsi qu’une augmentation des activités protéolytiques, ce qui est également observé avec les échantillons collectés après le développement de la CU. Les chercheurs ont aussi étudié la contribution bactérienne et la pertinence fonctionnelle de cette signature en colonisant des souris sans germes avec les échantillons fécaux des témoins, et ceux collecté avant et après le diagnostic. Les souris colonisées avec les échantillons pré- et post-maladie ont également montré une activité de dégradation des protéines plus élevée que chez les souris colonisées avec les échantillons des témoins.

Galipeau HJ et al. “Novel fecal biomarkers that precede clinical diagnosis of ulcerative colitis”. Gastroenterology. 2020. Doi: 10.1053/j.gastro.2020.12.004

 

L’augmentation de la perméabilité intestinale est associée au développement ultérieur de la maladie de Crohn

Dans cette étude, nos chercheurs ont examiné si une augmentation de la perméabilité intestinale était associée au futur développement de la maladie de Crohn (MC). Ils ont déterminé la perméabilité intestinale en comparant les ratios de Latulose et Mannitol (LacMan) de 1420 sujets du projet GEM, dont  50 ont développé la MC. Voir ci-dessous pour plus d’informations sur les raisons pour lesquelles les scientifiques utilisent le rapport LacMan comme mesure de la perméabilité intestinale. Avoir un ratio LacMan anormalement élevé augmentait considérablement les chances de développer la MC. En fin de compte, la découverte d’une fonction anormale de la barrière intestinale pourrait servir de biomarqueur du risque d’apparition de la MC.

Turpin, Williams et al. « Increased Intestinal Permeability Is Associated With Later Development Of Crohn’s Disease ». Gastroenterology, 2020. Elsevier BV, doi:10.1053/j.gastro.2020.08.005.

 

Méta-analyse des études de l’association du génome humain et du microbiome: l’initiative du consortium MiBioGen.

Le projet GEM a contribué à l’effort d’identification de l’influence de nos gènes sur la composition du microbiome. Nous avons participé à l’Initiative du consortium MiBioGen comprenant 25 études réparties dans le monde entier où des types similaires d’échantillons ont été collectés. Un outil statistique spécifique a été développé pour mieux comprendre la relation entre la génétique et les bactéries vivant dans les intestins. Avec cet effort collectif, nous espérons identifier des signaux génétiques supplémentaires qui peuvent expliquer la diversité existante du microbiote à travers différents sujets.

Wang, Jun et al. « Meta-Analysis Of Human Genome-Microbiome Association Studies: The Mibiogen Consortium Initiative ». Microbiome, vol 6, no. 1, 2018. Springer Science And Business Media LLC, doi:10.1186/s40168-018-0479-3.

 

Le génotype FUT2 et le statut sécrétoire ne sont pas associés à la composition microbienne fécale et à la fonction présumée chez les sujets sains.

FUT2 est un gène qui est associé à une fonction intestinale saine et peut réguler la population de microbiote. Le gène est responsable de la formation de motifs spécifiques présents dans le mucus qui permettent la croissance sélective de certains microbes et peux limiter la colonisation par des bacteries étrangers. Cela est d’autant plus important que les individus atteints de MD sont plus susceptibles de ne pas avoir la version sauvage du gène FUT2 et ne sont donc pas capables de produire le motif protecteur du mucus. Dans cette étude, les scientifiques du projet GEM ont découvert que le FUT2 n’est pas associé à des changements dans la diversité, la composition ou la fonction des bactéries du microbiome intestinal. Cela suggère que FUT2 contribue au risque de CD indépendamment du microbiote intestinal.

Turpin, W et al. « FUT2 Genotype and Secretory Status Are Not Associated With Fecal Microbial Composition And Inferred Function In Healthy Subjects ». Gut Microbes, 2018, pp. 1-12. Informa UK Limited, doi:10.1080/19490976.2018.1445956.

 

Analyse de l’association génétique de la perméabilité intestinale chez des parents sains au premier degré de patients atteints de la maladie de Crohn.

Cette étude cherchait à identifier si il y avait des gènes liés a des différences de perméabilité intestinale. Les résultats suggèrent que la génétique a un impact limité sur la perméabilité intestinale.

Turpin, W et al. « Analysis of Genetic Association of Intestinal Permeability in Healthy First-degree Relatives of Patients With Crohn’s Disease. » Journal Of The Canadian Association Of Gastroenterology, vol 1, no. 2, 2018, pp. 59-60. Oxford University Press (OUP), doi:10.1093/jcag/gwy009.035.

 

Association du génome humain avec la composition microbienne intestinale dans une grande cohorte d’individu sain.

L’ensemble des bactéries intestinales (microbiote) sont connues pour être influencées par le monde extérieur, notre environnements et notre propre corps. Cette étude examine la relation entre le microbiote intestinal (représentant toutes les bactéries vivant dans nos intestins) et la relation que celles-ci peuvent avoir avec nos gènes. Le microbiote intestinal est connu pour être important pour notre bonne santé et certaines maladie. Notre étude a révélé qu’un tiers des bactéries de notre microbiote intestinal sont héréditaires. Cela signifie que ces bactéries héréditaires sont plus susceptibles d’être présentes chez deux personnes apparentées. Notre étude a révélé que 58 mutations spécifiques dans l’ADN contribuaient à cette héritabilité. Leur influence a été observée chez 33 types de bactéries intestinales. Quatre de ces découvertes ont été confirmées dans un autre groupe de sujets. Cette étude a pu montrer qu’il existe des associations entre des gènes spécifiques et les bactéries qui tapissent le microbiome.

Turpin, W et al. « Association Of Host Genome With Intestinal Microbial Composition In A Large Healthy Cohort ». Nature Genetics, vol 48, no. 11, 2016, pp. 1413-1417. Springer Science And Business Media LLC, doi:10.1038/ng.3693.

 

Déterminants de la perméabilité intestinale chez des individus sains ayant un lien de parenté au premier degré d’individus atteints de la maladie de Crohn.

Dans cette étude, les chercheurs recherchaient des facteurs génétiques, environnementaux et microbiens susceptibles d’influencer la perméabilité intestinale de sujets sains.

Pourquoi la perméabilité intestinale a-t-elle été examinée? La perméabilité intestinale est une mesure de la capacite de l’intestin absorber les nutriments et a exercer un rôle de barrière vis-à-vis de potentiel pathogène. Une hyper perméabilité peut ainsi permettre le passage du contenu intestinal (aliments, bactéries, etc.) vers le système sanguin, ce qui peut déclencher une réponse inflammatoire intestinale. Plusieurs études ont démontré que les changements de perméabilité intestinale peuvent prédire l’évolution de la MC.

Qu’est-ce que c’est le ratio LacMan? C’est un outil utilisé pour évaluer la perméabilité intestinale. Pour trouver ce rapport, les sujets boivent une solution qui contient une grosse molécule (le lactulose) qui ne peut pas traverser la barrière intestinale en condition normal et uniquement lorsque cette barrière est endommagée. La solution contient également une petite molécule (mannitol) qui traverse toujours la barrière, indépendamment de potentiel dommage à la barrière intestinale. Ainsi, en mesurant le rapport des deux molécules (rapport LacMan), les scientifiques peuvent nous dire dans quelle mesure les intestins sont sains.

Qu’a trouvé cette étude? Le ratio LacMan s’est avéré non héritable, ce qui signifie que la génétique ne peut jouer qu’un petit rôle dans la perméabilité intestinale saine. La fonction de la barrière intestinal n’était pas non plus affecté par la composition microbienne. À partir de cela, nous pouvons supposer que d’autres facteurs, tels que l’environnement, auraient alors probablement un impact plus important sur la détérioration de la perméabilité intestinale saine.

Kevans, D et al. « Determinants Of Intestinal Permeability In Healthy First-Degree Relatives Of Individuals With Crohnʼs Disease ». Inflammatory Bowel Diseases, vol 21, no. 4, 2015, pp. 879-887. Oxford University Press (OUP), doi:10.1097/mib.0000000000000323.

 

Profil de risque génétique des MII chez les parents sains au premier degré de patients  atteints de la maladie Crohn

Cette étude compare la composition génétique des individus en bonne santé, contre ceux diagnostiqués avec la MC, et ceux ayant un lien de de parenté aux premier degré du projet GEM. Les résultats de cette étude montrent que les apparenté au premier dégrée de ceux qui souffrent la MC on un plus grand risque génétique de développer la MC par rapport au individus en bonne santé sans lien de parenté.

Kevans, D et al. « IBD Genetic Risk Profile In Healthy First-Degree Relatives Of Crohn’s Disease Patients ». Journal Of Crohn’s And Colitis, vol 10, no. 2, 2015, pp. 209-215. Oxford University Press (OUP), doi:10.1093/ecco-jcc/jjv197.